Il Duca Francesco Farnese era anch'egli senza figli; non volle pertanto considerare l'Ordine un privilegio della Corona e dispose che esso dovesse tramandarsi da padre in figlio ed in caso di estinzione il Gran Maestro fosse «il più vicino [in linea di sangue] al defunto Gran Maestro, e appartenente alla famiglia Farnese». Così quando il 26 febbraio 1727 morì Francesco I, i poteri dello Stato e anche del Gran Magistero dell'Ordine vennero assunti dal fratello Antonio, il quale dopo solo quattro anni di principato, il 20 gennaio 1731, venne a mancare anch'egli senza lasciare figli.

Appello alla Crociata contro i Turchi (1684).

A questo punto diviene centrale il ruolo di Elisabetta Farnese, sorella dei due Duchi e Regina di Spagna per aver sposato Filippo V d'Angiò, il vincitore della Guerra di Successione Spagnola (si veda la voce della sezione storica La Casa di Borbone, ovvero tre Regni e un Ducato). Ella riuscì ad assicurare che l'eredità allodiale della Casata Farnese dovesse andare all'Infante Don Carlo di Borbone. Infatti, le grandi potenze, prevedendo come non lontana l'estinzione della Casa Farnese, stabilirono col Trattato di Londra del 1718 che alla morte del Duca Farnese, l'Infante Don Carlo avrebbe bensì avuto le terre dei Farnese (cioè il Ducato di Parma e di Piacenza), ma senza intrusioni del padre Re di Spagna, nemmeno con pretesti di tutela familiare. La Pace di Utrecht del 1713 lo esigeva. Morto pertanto il Duca Farnese nel 1727, il successore Antonio chiamò all'eredità allodiale della sua Casata l'Infante appunto Don Carlo di Borbone (suo nipote).

Dopo la conquista del Regno di Napoli, Carlo aveva qui trasferito la sede dell'Ordine, lasciando al fratello minore Filippo il Ducato di Parma e Piacenza (1748). Come abbiamo detto, essendo poi dovuto salire al Trono di Spagna nel 1759 (ed essendo quindi costretto ad abbandonare quello di Napoli e Sicilia per ragioni politiche e dinastiche di cui rendiamo conto nella voce dedicata a Carlo di Borbone e in quella intitolata "Il Sacro Militare Ordine Costantiniano di San Giorgio e la Real Casa di Borbone delle Due Sicilie"), con atto sovrano del 6 ottobre 1759 egli cedette al suo terzogenito Ferdinando tutti i beni allodiali italiani, e volle, con atto espressamente separato, cedere anche il Gran Magistero Costantiniano, in quanto Ordine Familiare legato ai successori ed eredi del fidecommesso farnesiano.
La Santa Sede riconobbe esplicitamente e chiaramente nei Borbone di Napoli il possesso del Gran Magistero Costantiniano con il Monitorium del 19 dicembre 1763 di Clemente XIII, ove il Pontefice ingiungeva agli ordinari ed in generale a tutti coloro che hanno cura di anime di non turbare i Cavalieri di San Giorgio nel possesso pacifico dei loro privilegi e ricordava le Bolle dei suoi predecessori insistendo sul fatto che se un conflitto sorgesse tra il Magistero e l'Autorità ecclesiastica «esso non potrebbe che essere trattato davanti alla Camera Apostolica». Questo Monitorio generale fu emanato ad istanza del Cavaliere di Gran Croce Costantiniana Petraccone Caracciolo, Duca di Martina, a nome anche degli altri Cavalieri di Gran Croce, e con esso si comminano pene e censure e i perturbatori dei privilegi accordati al detto Ordine in forza delle Bolle Sinceræ Fidei e Militantis Ecclesiæ rispettivamente di Innocenzo XII e Clemente XI.
Inoltre esiste il Breve di Pio VI Rerum humanarum conditio, del 24 marzo 1777, col quale venne ratificata l'aggregazione dei beni dell'Ordine di S. Antonio Viennese - che era stato soppresso - del Regno di Napoli all'Ordine Costantiniano fatta da Ferdinando di Borbone Re di Napoli e Sicilia.
In tal maniera era palese e inconfutabile che la Santa Sede riconosceva ai Borbone di Napoli e Sicilia il Gran Magistero dell'Ordine Costantiniano. Esistono comunque numerose fonti di diritto positivo che stanno a dimostrare "l'indole familiare" dell'altissima dignità, fra cui degno di nota è un "Dispaccio" del Re Ferdinando IV datato 8 marzo 1796, che per il suo rilievo appare opportuno richiamare: «(...) avere il Re ponderatamente preso nella dovuta considerazione che nella Sacra Real Persona concorrono ben due distinte qualità, l'una di monarca delle Due Sicilie e l'altra di Gran Maestro dell'Ordine Costantiniano, le quali benché gloriosamente si uniscono in se stesse, formano nondimeno due Signorie indipendenti, e per leggi e per prerogative e per privilegi e soprattutto per la giurisdizione (...) tanto che i predecessori Gran Maestri di tal Ordine hanno formato un Codice di Costituzioni denominato Statuti, nei quali si scorge una precisa volontà di stabilire una Giurisdizione Privativa e per l'Ordine stesso e per i Cavalieri ed individui, eligendo a tale effetto un Supremo Magistral Consiglio per la cognizione di tutti i diritti, prerogative e cause che se li appartengono».