Tornando in età moderna, il 17 luglio 1550 Papa Giulio III riconobbe l'Ordine con la Bolla Quod Alias, assicurando il Gran Magistero ad Andrea e Gerolamo Angeli di Drivasto (discendenti dei Comneno, come detto), cui farà seguito un provvedimento della Congregazione del Concilio, sotto il pontificato di Gregorio XIII, nel 1576, che portò all'Ordine una grande novità: quella del carattere religioso che lo pose definitivamente sotto la Regola di San Basilio. Nel 1623 gli Angeli di Drivasto cedettero il Gran Magistero a Marino Caracciolo, principe di Avellino, e il 23 novembre di quell'anno Urbano VIII confermò tale dignità ribadendone peraltro l'origine bizantina. Morto però nel 1630 il principe di Avellino, il Gran Magistero tornò a Giovanni Andrea Angelo di Drivasto. Con il Breve Cum Sicut del 27 agosto 1672, Papa Clemente X nominò un Procuratore Generale dell'Ordine a Roma ed un Cardinale Protettore, il Cardinal de' Massimi; stabilì che il Procuratore Generale dell'Ordine prendesse posto nelle Cappelle Pontificali e che procedesse dopo il Procuratore Generale dei Serviti di Maria. Innocenzo XI con il Breve del 14 giugno 1687 nominò Protettore dell'Ordine il Cardinale Gaspero Cavaliero, cui successe poi nel corso del 1690 il Cardinale Giovanni Francesco Albani (che diverrà poi Papa Clemente XI). Alla fine del XVII secolo la casata degli Angeli di Drivasto - ultimo ramo dei Comneno - si stava estinguendo con Giovanni Andrea Angelo di Drivasto Flavio Comneno, privo di successori; egli trasferì con atto rogato il 27 luglio 1697 il Gran Magistero all'allora Duca di Parma e Piacenza Francesco I Farnese (1697-1727), ed ai suoi discendenti.

Il Gran Magistero dei Farnese di Parma

Francesco Farnese Duca di Parma, Piacenza e Castro (1697 - 1727)

Con decreto dell'Imperatore Leopoldo I del 5 agosto 1699, e con la Bolla Sinceræ Fidei di Papa Innocenzo XII, del 24 ottobre dello stesso anno, si confermava quell'atto di cessione, autorizzando in termini espliciti il passaggio del Gran Magistero alla Casata Farnesiana. Ecco le importanti parole con cui il Pontefice sancisce tale atto: «Inclinando il nostro udito e dando benignamente assenso alle suppliche che a proposito di tale questione ci sono state umilmente porte sia a nome tuo che di Giovanni Andrea, Principe e Gran Maestro, Noi, con motu proprio, con certa scienza e matura deliberazione, in virtù della pienezza del nostro potere apostolico, in perpetuo confermiamo ed approviamo la cessione di detto ufficio ovvero carica di Gran Maestro e perenne amministratore della Milizia Aurata Costantiniana, cessione fatta dal menzionato Giovanni Andrea, Principe e Gran Maestro, a te e ai tuoi discendenti».

Croce dell'Ordine di epoca Farnesiana (inizio XVIII sec.)

Gli Statuti Costantiniani furono poi ammodernati, con l'approvazione ecclesiastica avvenuta nel 1706. Inoltre Papa Clemente XI volle, con la Bolla Militantis Ecclesiæ del 27 maggio 1718, dare all'Ordine Costantiniano un segno particolare del suo affetto e della sua benevolenza tanto da accordare al Gran Priore i privilegi abbaziali, al clero le insegne della prelatura, all'Ordine stesso, infine, la facoltà di poter costituire "benefizi ecclesiastici": «E se qualcuno osasse invalidare quanto stabilito, sappia che incorrerà nell'indignazione di Dio Onnipotente e dei Suoi beati Apostoli Pietro e Paolo». In una Bolla del 1719 inoltre lo stesso Clemente XI si felicita con i Cavalieri Costantiniani per avere condotto più di 2000 fanti in Dalmazia contro le armate turche. Un ingente numero di documenti esistenti nell'Archivio di Stato testimoniano la lunga e vittoriosa guerra combattuta contro i Turchi dalla Repubblica di Venezia con l'aiuto del Duca Francesco Farnese mediante l'invio di un "Reggimento Costantiniano". Commenta Ettore Gallo: «Sotto l'aspetto militare la documentazione sul Reggimento Costantiniano dimostra quanto vivi fossero, nel piccolo esercito farnesiano, il valore ed il coraggio nonché lo spirito autenticamente cristiano di attaccamento ai princìpi ispiratori stessi dell'Ordine: "Glorificazione della Croce e propagazione della Fede"» .